Почему Алые пишется с одной л?

потому что это словарное слово.

Потому что "л" в данном случае - это не суффикс. "л" здесь входит в корень. Слово "алые" имеет корень "ал" (т.к., например, алое платье, аленький цветочек). Так же, как правильно отметил пользователь ksuzu777, это слово является словарным!